科研工具工作台 Windows 1.3.6 完整图文说明书
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KY Research Tools · Windows Guide

从原始实验数据到可复核结果，一本说明书讲清楚

以下操作均来自软件真实演示。每张界面图可点击放大，红色编号与图下步骤一一对应。

5实验工具模块
25真实操作截图
2WB 核心工作流
2qPCR 定量模式
01

快速认识工作台

统一入口管理 WB、qPCR 与常用实验计算，实验图片和数据继续在本机处理。

WB 灰度分析ROI、内参归一化、分组统计、Prism
WB 图片排版TIFF、MARK 叠加、多画板、跨项目复制
qPCR 相对定量ΔCt、ΔΔCt、RQ、Column 导出
qPCR 绝对定量标准曲线、效率、未知样本反算
实验计算器MOI 与铺细胞配液方案
科研工具工作台首页
图 1｜工作台首页
  1. 1顶部模块入口可直接切换，不需要重复打开多个程序。
  2. 2公告栏显示当前重要更新；公告中心可查看历史公告。
  3. 3官网、激活码、检查更新和会员中心集中在右上方。
  4. 4登录后显示会员等级与到期时间；演示账号已做隐私处理。
权限规则：注册会员可用 MOI 与铺细胞；银会员可用两个 qPCR 模块；金会员可用全部模块。软件界面显示的会员等级与服务器账户权益保持一致。
02

项目、文件夹、搜索与回收站

项目按日期保存，也可以放进自建文件夹。删除后先进入回收站，避免误操作直接丢失。

WB 项目首页
图 2｜创建或打开项目
  1. 1输入项目名后新建；建议使用“实验名_日期”。
  2. 2灰度分析、图片排版和回收站是三个独立页面。
  3. 3搜索支持项目名称和日期，项目多时无需逐页翻找。
WB 项目库
图 3｜项目库与日期分类
  1. 1左侧文件夹可新建、重命名和分类，日期仍作为第二层时间线。
  2. 2项目卡片显示保存时间和分析模式；隐私项目名已隐藏。
  3. 3“继续分析”恢复图片、ROI、分组和测量结果。
  4. 4删除项目后进入回收站，一个月内可以恢复。
  • 先命名再建项目名称应能区分蛋白、批次和日期。
  • 当天项目自动归档软件按日期整理，用户可再分到自建文件夹。
  • 搜索代替翻找输入实验名、样本名或日期片段即可定位。
  • 删除并非立即消失需要彻底释放空间时，再到回收站清理。
03

WB 灰度分析完整流程

真实项目“小红书：399298928”演示：准备 TIFF、识别 ROI、核对内参、计算归一化结果并导出 Prism。

1 准备图像2 设置 lane3 识别 ROI4 核对内参5 测量统计6 导出保存

3.1 准备数据与导入

WB 灰度分析工作区
图 4｜上传前先完成设置
  1. 1选择本机 Fiji/ImageJ，软件仅调用本机程序。
  2. 2上传前填写真实 lane 数，防止 ROI 数量和分组错位。
  3. 3依次加入目标蛋白和 actin/GAPDH TIFF。
  4. 4需要单独修正内参时进入“调定内参”。
先设 lane，再上传：lane 数决定默认 ROI 数量、编号和分组关系；不要等图片处理后再修改。
WB TIFF 图片导入完成
图 5｜导入 TIFF 后再开始识别
  1. 1支持 .tif/.tiff，项目会记录原图来源。
  2. 2条带倾斜时先旋转拉直，再进行统一框选。
  3. 3确认图像完整后点击“自动处理并识别 ROI”。

3.2 检查 ROI 与内参

真实 WB 项目目标蛋白 ROI 与统计结果
图 6｜真实项目：目标蛋白 ROI 与统计结果
  1. 1每个 ROI 完整覆盖对应条带；框宽、框高保持一致。
  2. 2先核对 lane 数、对照均值、组数是否符合实验设计。
  3. 3Prism 预览、分组统计和 lane 明细用于发现错组或离群值。
真实 WB 项目 actin ROI 与归一化结果
图 7｜切换 actin，逐 lane 核对对应关系
  1. 1切换到 actin 标签，目标蛋白与内参 lane 必须一一对应。
  2. 2内参 ROI 同样保持相同尺寸，并避开相邻条带和异常背景。
  3. 3右侧归一化结果应与目标蛋白页使用同一组别顺序。

鼠标滚轮放大后，可用方向键逐像素微调。批量调整时先框选或按 Ctrl 多选；改动后仍需逐 lane 检查。

3.3 计算、导出与保存

ratio = Target IntDen / Actin IntDen
normalized = ratio / mean(ratio of Control)
  • 应用分组默认组别为 1、2、3……；按实验设计修改，并确认第一组是否为对照。
  • 测量统计核对每个 lane 的积分灰度、比值、归一化值和组内重复。
  • 导出 CSV分组 CSV 用于汇总，明细 CSV 用于逐 lane 追溯。
  • 导出 Prism常规重复分析默认使用 Prism Column 数据表，导出时软件会提示。
  • 保存项目保存图片、ROI、分组与结果，几个月后仍可继续核对。
  • 常见错误不要混用 lane 顺序、重复编号或把技术重复当成生物学重复。
04

WB 图片排版完整流程

使用当前真实排图项目演示：添加条带、文字、线段与符号，完成批量对齐、多画板和跨项目复制。

1 建画板2 加素材3 加标注4 批量对齐5 跨画板/项目6 导出

4.1 认识画板与添加元素

真实 WB 图片排版项目总览
图 8｜真实排图项目总览
  1. 1从顶部直接添加条带、文字、线段和符号；选择样式后立即进入添加状态。
  2. 2画板中保留条带、组别、加减号和横线的相对排版。
  3. 3右侧设置画布尺寸、宽高、导出精度、背景与自动裁边。
  • 选择画布按期刊版面选择自定义、A4 或常用尺寸，按 Alt + 滚轮缩放画布。
  • 加入条带支持 TIFF、PNG、JPG、BMP、WebP；同组条带保持相同宽高。
  • 加入文字双击原位编辑；Ctrl+C/Ctrl+V 或 Alt 拖动复制格式。
  • 加入线段和符号选择线型或符号后直接在画板点击放置，无需再次点击“添加”。

4.2 文字属性、框选和精确对齐

WB 图片排版文字属性
图 9｜选中文字后统一修改属性
  1. 1选中对象的蓝框显示实际对象边界；对齐和等间距以该边界计算。
  2. 2右侧可直接改内容、字体、字号、颜色、粗体和文字对齐。
  3. 3旋转角度可输入数值，多个选中文字可同时修改。
WB 图片排版多选与对齐
图 10｜框选多个文字、线段或符号后对齐
  1. 1拖出选框或按 Ctrl 任意多选，蓝框确认当前对象集合。
  2. 2左对齐、右对齐、上对齐、下对齐适用于文字、线段、符号和条带。
  3. 3输入横距或纵距后立即同步；等间距固定首尾对象，其余自动均匀分布。
操作用途结果
鼠标框选选择一个区域内的文字、线段、符号或条带适合对象较多时批量处理
Ctrl + 单击任意增加或取消不连续对象只处理指定对象
左/右/上/下对齐统一一侧边界解决文字或符号看似同列却未真正对齐
水平/垂直等间距固定首尾位置并分布中间对象保持整体范围不变

4.3 MARK 原位叠加、多画板与跨项目

MARK 合成：先选择位置本身匹配的原始条带图和 MARK 图，软件按同一像素坐标原位叠加，不左右拼接、不拉伸原图，适合原始数据提交与核对。
同一项目多个画板
图 11｜同一项目内管理多个画板
  1. 1画板标签只切换当前项目的不同版面。
  2. 2点击标签后的“×”删除画板，删除后支持撤回。
  3. 3“增加画板”与上方项目标签分开，降低误操作。
跨项目复制和项目标签
图 12｜跨项目复制时保持原排版
  1. 1上方项目标签代表同时打开的不同项目。
  2. 2复制选中的多个对象后切换目标项目再粘贴。
  3. 3需要并排核对时，可将项目拆为独立窗口。
  4. 4粘贴后保留对象间距、旋转、层级和相对坐标。

4.4 导出与常见错误

  • 支持 PNG、JPG、WebP 和 TIFF；归档优先 TIFF 或 PNG。
  • 可选择白色或透明背景；JPG 不支持透明。
  • 勾选自动裁边后去除外围空白，再选择导出路径和文件名。
  • 对齐前确认对象蓝框大小；文字框尺寸不一致时，应先统一尺寸或使用对应边界对齐。
  • 跨项目复制前先保存源项目，粘贴后再保存目标项目。
05

qPCR 相对定量完整流程

从项目创建、Ct 粘贴与对照选择，到 ΔCt、ΔΔCt、RQ 计算和真实 Prism 图。

1 建项目2 粘贴 Ct3 复核配对4 选对照5 计算 RQ6 导出 Prism
qPCR 相对定量项目首页
图 13｜项目首页
  1. 1默认名称为 相对定量_YYYYMMDD，可在创建前修改。
  2. 2日期文件夹、搜索和项目卡片用于快速定位历史实验。
  3. 3误删项目进入回收站，可在保留期内恢复。

5.1 输入与复核

qPCR 相对定量数据输入
图 14｜粘贴 Ct 数据
  1. 1组名必须能区分对照和处理条件。
  2. 2目标基因 Ct 与内参 Ct 来自同一个生物样本。
  3. 3解析后先核对行数、列含义和缺失值。
qPCR 相对定量数据复核
图 15｜指定对照组并计算
  1. 1逐行核对样本、目标 Ct 和内参 Ct 的配对关系。
  2. 2选择真实生物学对照，不要只按第一行机械选择。
  3. 3确认后执行 ΔΔCt 计算。
ΔCt = Ct(target) − Ct(reference)
ΔΔCt = ΔCt(sample) − mean ΔCt(control)
RQ = 2−ΔΔCt

5.2 最终结果与 Prism

1.0000Control RQ
0.6507SORB-1-SO
2.7384SORB-2-SO
ΔCt建议用于参数统计
qPCR 相对定量 Prism 实际结果
图 16｜导出的 Prism 文件已实际打开
  1. 1Prism 导航器中可切换数据表和自动生成的图。
  2. 2Column 图显示三个组的 RQ 均值及重复点。
  3. 3组名和重复顺序应与软件结果表一致，再选择统计方法。
  • 检查结果对照 RQ 应围绕 1；处理组再解释上调或下调。
  • 导出 Prism保存 .pzfx 后用 GraphPad Prism 打开，核对 Column 和重复值。
  • 同步归档同时保存项目、CSV 和 Prism 文件，方便追溯。
  • 常见错误技术重复不是生物学重复；参数统计通常在 ΔCt 层进行。
06

qPCR 绝对定量完整流程

用真实示例完成标准品与未知样本输入、曲线 QC、拷贝数反算、最终图和 Prism 原始每孔表。

1 标准品2 未知样本3 曲线回归4 QC5 反算拷贝数6 导出

6.1 输入标准品与未知样本

qPCR 绝对定量输入
图 17｜准备输入数据
  1. 1标准品输入原始正浓度和 Ct，软件自动取 log10。
  2. 2未知样本记录样本名、Ct、稀释倍数和生物样本 ID。
  3. 3计算前统一单位，避免稀释倍数重复补偿。
qPCR 绝对定量解析预览和 QC
图 18｜解析后先检查表格和 QC
  1. 1标准品表应覆盖预期梯度，每个浓度保留对应 Ct。
  2. 2未知样本表核对样本名、Ct、稀释倍数和重复孔。
  3. 3曲线 QC 显示斜率、截距、R²、效率和有效梯度数。

6.2 结果、曲线与最终图

-3.3765标准曲线斜率
38.8395截距
0.9998R²
97.77%扩增效率
qPCR 绝对定量最终结果
图 19｜逐层复核计算结果
  1. 1先确认标准曲线 QC 通过：本例 5 个梯度、10 个标准孔。
  2. 2未知样本汇总给出均值、SD、稀释倍数和最终 copies/μL。
  3. 3标准梯度残差与 Ct SD 用于定位异常浓度或孔。
qPCR 绝对定量标准曲线与最终图
图 20｜标准曲线和绝对定量图
  1. 1顶部可导出原始每孔、生物样本汇总、log10 或归一化 Prism 文件。
  2. 2标准曲线显示实测标准点、拟合线和未知样本反算位置。
  3. 3最终柱状图展示三个未知样本的 copies/μL。
未知样本结果解释
PBS 185-回肠18687.6645 copies/μL已包含设置的稀释倍数
10^6 192-回肠56665.1732 copies/μL本例最高
SO 188-回肠20235.2033 copies/μL保留技术孔用于追溯

6.3 实际 Prism 导出结果

qPCR 绝对定量 Prism 原始每孔结果
图 21｜原始每孔 Prism 文件已实际打开
  1. 1数据区保留每个未知样本的三个技术孔反算值。
  2. 2每个样本占一个 Column，组名来自软件中的样本名。
  3. 3左侧导航器可切换原始每孔表及后续图表。
导出适用场景统计层级
生物样本汇总 Prism组间作图和统计独立生物样本
原始每孔 Prism排查技术孔与 Ct技术重复孔
log10 Prism跨数量级展示仅正值
HTML 报告保存设置、曲线和 QC完整项目
常见错误：单位不一致、稀释倍数重复补偿、标准梯度写错数量级，都会让最终拷贝数整体偏移。
07

MOI 与铺细胞计算器

注册会员即可使用，结果在本机即时计算，适合实验前快速核对。

MOI 计算

所需病毒体积由细胞数、目标 MOI 和病毒滴度共同决定。

Vvirus = MOI × Ncells / Titer
  • 统一滴度、细胞数与体积单位。
  • 体积过小时建议先稀释病毒液。
  • 计算值是配液起点，实际条件需结合细胞系验证。

铺细胞规划

根据来源容器、汇合度、培养时长、目标器皿和孔数生成配液方案。

  • 确认细胞活率与实际计数浓度。
  • 留出移液损耗，避免最后一孔不足。
  • 不同细胞系增殖速度差异较大。
MOI 计算器结果
图 22｜MOI 示例
  1. 1输入病毒滴度、细胞数量和目标 MOI。
  2. 2示例结果为 0.07143 mL，即 71.429 µL。
  3. 3配液建议同时给出病毒体积与补液思路。
铺细胞计算器配液方案
图 23｜铺细胞示例
  1. 1示例来源为 T75，当前汇合度 90%，培养 12 小时。
  2. 2目标为 12 孔板共 12 孔，可按实际实验修改。
  3. 3右侧生成总细胞量、悬液体积与逐孔配液方案。
08

Prism 导出后怎么看

软件导出的 .pzfx 是数据文件，关键是核对数据表类型、分组和重复，而不是只看自动生成的图形样式。

  1. 完成计算后再导出结果区为空时，导出按钮不会产生有效文件。
  2. 选择保存位置建议与项目、CSV 和原始数据放在同一归档文件夹。
  3. 用 GraphPad Prism 打开双击 .pzfx，检查每组是否为独立 Column。
  4. 核对重复值每一行应对应一个生物学重复，不要把技术孔当独立样本。
  5. 再选择统计方法软件不替代实验设计判断，配对与非配对必须由用户确认。
  6. 保留 CSV 交叉核对Prism 数据应能与软件明细逐项对应。
WB 常规重复分析：选择“Prism Column 图表”导出时，软件会明确提示数据按 Column 表组织。qPCR 相对定量同样将每组生物学重复写入独立列。
GraphPad Prism 是商业软件。用户需要自行持有合法许可证并激活。图形外观可能受 Prism 版本和个人模板影响，但数据表结构不应改变。
09

保存、自动恢复、公告与更新

项目数据和账户数据分别管理；软件更新不会删除 Windows 用户数据目录中的项目记录。

场景软件行为用户应做什么
返回项目首页询问“保存 / 不保存 / 取消”确认当前修改是否需要写入项目
直接关闭软件同样提供保存选择不要强制结束进程
意外断电或闪退读取自动恢复记录重开后检查最后一次恢复内容
发现新版本检查更新出现红点并询问是否安装保存项目后开始下载
下载更新下载期间显示进度条不要重复启动旧版本
更新完成新版本覆盖旧版本，不保留历史程序从原桌面入口重新启动
  • 滚动公告用于短消息；公告中心用于完整内容和历史记录。
  • 没有新版本时不显示下载进度条。
  • 每次重大分析完成后，仍建议手动保存项目并导出 CSV。
  • 原始 TIFF、项目文件、CSV、Prism 文件和最终图应放在同一实验归档中。
10

常见问题与排查顺序

先检查输入、路径和项目状态，再判断是否为软件故障。

问题优先检查解决方法
找不到 Fiji / ImageJ主程序路径是否移动重新选择 ImageJ-win64.exe 或 Fiji 启动程序。
ROI 数量不对上传前设置的 lane 数返回输入区修改 lane 数，再重新识别。
ROI 偏离条带图片是否倾斜、背景是否异常先拉直，放大后方向键微调，并统一 ROI 尺寸。
原图定位失败原图是否被移动或改名在新位置重新定位；长期归档不要移动原始素材。
qPCR 解析分组错误每行列数、隐藏换行、组名改为 Tab 分隔三列，或使用手动表格。
Prism 导出无反应是否已经完成计算从正式工作台进入模块，先产生结果，再选择保存路径。
更新后仍提示旧版本是否从旧 EXE 或旧快捷方式启动关闭旧进程，从正式安装目录或最新桌面入口打开。
会员等级不一致网络、登录会话和刷新状态重新登录或刷新会员状态；永久金卡按离线授权规则验证。
数据完整性底线：任何自动分析结果都需要回到原始图、原始 Ct 和实验设计进行复核。软件用于减少重复整理工作，不替代实验质量控制和统计判断。

建议的完整归档结构

实验名_日期/
├─ 01_原始图或原始Ct
├─ 02_工作台项目文件
├─ 03_CSV明细
├─ 04_Prism数据与图
└─ 05_最终排版图与说明
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